计算机科学与技术学院在高性能计算研究领域主要研究利用超高性能并行计算机来求解大型科学与工程问题时所面临的计算理论、问题求解算法及其实现技术，主要研究内容包括：(1)国产高性能计算机的研制。在2007年成功研制首台个人高性能计算机KD-50-I的基础上，计划在KD-50系列高性能计算机的基础上继续研制新一代的高性能计算机系统，并投入到不同行业应用中，直接服务于生产实际和国民经济建设，产生积极的社会效益和经济效益。(2)大规模并行算法的研究。主要是针对当代主流并行机的特性建立能够准确反映并行算法性能的并行计算模型，针对应用领域中常见的大规模问题在实用并行计算模型上设计并行算法，针对不同的并行机系统研究不同编程环境下大规模并行算法的性能评测标准和方法等。(3)高性能并行软件工具与环境的研究。主要研究并行环境下的操作系统、并行程序设计、并行编译、编程工具与环境，要求并行操作系统能合理地利用并行机的硬件资源，所设计的并行编程语言结构性强且易于编程，并行编译优化技术能提高并行程序的执行效率，并行编程工具和环境给用户一个良好的编程、调试环境，使得非并行计算的专业人员能够方便地用好并行机。(4)典型应用领域的并行软件研制与开发。针对国民经济建设和国防安全领域的一些典型应用研制与开发并行软件，主要包括淮河流域的汛期防洪调度、枯水期防污调度和水资源优化配置等资源环境方面的应用，灾害性气象预报、城市社会应急系统和火灾现场的模拟再现与分析等社会公益方面的应用，信息攻防和雷达信号成像分析等国防安全方面的应用，以及基因序列分析和蛋白质功能位点预测等生物信息学方面的应用。